孟庙内保存有秦、汉、晋、唐、宋、金、元、明、清历代碑碣280块。有篆、隶、行、草、楷等书体，有汉、蒙(元代的八思巴文)2种文字，有字、画、文言、白话等形式，有政治、经济、军事、文化、地震灾害等记述内容。是我国除西安碑林、曲阜孔庙碑林之外的又一大型碑林。其中有西汉“新莽莱子侯刻石”、西晋“刘宝墓志”、唐欧阳询书“苏玉华墓志铭”、东汉“石墒村碑”、明董其昌“《题孟庙古桧一首》诗刻”、宋代封赠孟轲的“尚书省牒文碑”、“元摹秦峄山碑”、“先师邹国公孟子庙记碑”等。还有清乾隆二十五年(1760年)，安南国(现越南)驻中国的3位大使来邹拜谒孟子庙时的赋诗刻碑，为中外文化交流、孟子思想影响东南亚的见证。还有记述金代“红袄军”、元代“红巾军”、明代“白莲教”、清代邹东“文贤教”等农民起义的碑刻及“孟氏宗传祖图碑”、“亚圣孟子像碑”、“述圣子思像碑”、“孟庙古柏图碑”等刻图画碑。除碑刻外，孟庙内还存放着建国后从县境内各地收集来的汉代石人、石羊，隋唐石造像及汉画像石等。
西晋刘宝墓志 1974年2月至6月发掘的西晋刘宝墓中，有一墓碑。圆形碑首上刻有篆书“晋故”2字，下为隶书墓志文：“侍中，使持节，安北大将军，领护乌丸校尉，都督幽并州诸军事，关内侯，高平刘公之铭表，公讳宝，字道真，永康二年正月二十九日囗囗囗囗囗”。
东汉石墙村刻石又称东汉中郎刻石。现置孟府赐书楼院东屋。石长52.5厘米，宽30厘米，文11行。青石质，字面漫患残损，据精拓后可辩识43字，未识29字。旧《邹县志》(吴志)载：“道光甲午春，邑人徐庭赞得之村中，恐其久湮没移入孟庙致严堂”。清代金石学家方若、陆增祥均有考证。据宫衍兴《济宁金汉碑》考释，录其文为：囗欲志偈其身囗囗|囗囗囗足孝信|囗囗囗囗及寿隐|囗囗囗者藩昌|囗囗者得其囗|囗囗见夜早囗扬|囗囗故时伐寿|囗囗面堂护之蕖|囗尔面者石工|囗囗君子中郎|囗囗囗众放诸囗君囗|石刻左下有孔继曛隶书题记：“道光十四年季春，古邦徐庭赞偕弟庭仰谨识于石墙村。戊戌岁小阳望日，移入亚圣孟子庙之致严堂。孟广均谨观。曲阜孔继曛题”。刻字篆隶结合，结构简劲，用笔方折挺劲，风格古朴，实为汉代刻石珍品。
欧阳询书《苏玉华墓志铭》唐欧阳询书，现置孟府赐书楼院东屋。长宽均40厘米，厚10厘米，铭文14行，行15字，楷书，四周阴刻细云纹图案。志文前题“弘文馆学士欧阳询撰并书”。志文内容为苏玉华生平事迹，后为铭词。墓志左下角题小楷一行“道光辛丑十二月得之于神和原土中，荣翰堂珍藏”。唐欧阳询书体端庄秀雅、凝重沉厚，是难得的欧体珍品。该墓志可能是孟氏七十代嫡裔孟广均高价购得，保存于孟庙内。
宋《先师邹国公孟子庙记》碑在孟庙亚圣殿内。通高2.33米，宽O.84米，因残损用青砖镶嵌。碑额篆文3行9字。碑文楷书，18行，每行49字，共约860字。已残毁288字，占碑文的三分之一。明嘉靖四年(1525年)版《邹县地理志》中收录全碑文。该碑刊刻于北宋宣和四年(1122年)是今孟庙创建时所立，记述了孟庙创建于四基山，后迁邹邑之东部，再迁南门外道左，庙内建筑布局等情况，同时记有今孟庙的兴建全系民间自愿捐款，表达了邹邑士民百姓对孟子及孟子学说的崇敬，碑又撰文者监察御史孙傅，曲阜孔端朝书丹。该碑是研究今孟庙创立最为珍贵的碑刻。
董其昌《题孟庙吉桧一首》明董其昌书。长方形，长59宽32厚12厘米。行书6行共40字：“爱此孟祠树，森然见典型，沃根洙水润，含气峄山灵，阅世磨秦籀，参天结鲁青。方知樗散寿，只入列仙经。翰林庶吉士董其昌书。”这首诗是董其昌当年谒拜孟庙时所作，诗中寓借孟庙桧树之挺拔盛赞孔孟学说一脉相承，源远流长。其书法圆劲苍秀，镌刻精良。